Якщо атоми — це окремі літери алфавіту, то молекули — це слова, складені з цих літер. Одна літера сама по собі мало що означає, але коли кілька літер об'єднуються — з'являється сенс. Так само атоми, з'єднуючись між собою, утворюють молекули з абсолютно новими властивостями. Найвідоміший приклад — вода: два атоми Гідрогену та один атом Оксигену (H₂O) створюють рідину, без якої неможливе життя.
Молекули можуть бути простими і складними. Молекула кисню O₂ складається лише з двох однакових атомів, а молекула ДНК — з мільярдів атомів, закручених у подвійну спіраль. Саме різноманіття молекул робить наш світ таким багатим: аромат кави — це молекули, що потрапляють у ніс; смак цукру — це молекула сахарози на язику; колір квітки — це молекули пігментів, що поглинають певне світло.
Важливо розуміти різницю між атомом і молекулою. Атом — це один «будівельний блок» конкретного елемента. Молекула — це конструкція з кількох блоків, з'єднаних хімічними зв'язками. Один атом Оксигену — це просто елемент, а два атоми Оксигену, з'єднані разом (O₂), — це вже молекула кисню, яким ми дихаємо.